背景

抗体是免疫系统的重要组成部分，具有广泛的生物医学应用。阐明抗体与抗原之间的复杂相互作用是药物开发的重要步骤。然而，数据的复杂性和广泛性给准确识别和理解这些相互作用带来了巨大挑战。为了克服这些挑战并加深对抗体-抗原界面的理解，电子科技大学黄健教授的研究团队开发开发了抗原-抗体复合物数据库（AACDB）。

2025年5月22日，黄健教授的研究团队在Elife上发表了一篇名为“A comprehensive antigen-antibody complex database unlocking insights into interaction interface”的文章，文章对AACDB进行了详细介绍，数据库整合了关于抗体可开发性和抗原-药物靶点关系的数据，对于协助新抗体疗法的开发具有重要价值。该数据库包含了全面的抗体抗原表位信息，使其称为免疫信息学研究中宝贵的基准。AACDB还使用两种方法（ΔSASA和原子距离）提供相互作用残基的详细信息，从而促进对抗原表位和抗原表位预测方法的基准研究。AACDB提供了一个用户友好的界面，方便查询、操作、浏览和可视化抗体-抗原复合物的综合信息。它还提供定制数据集以满足特定的研究需求。研究人员可以完全在线访问AACDB（http://i.uestc.edu.cn/AACDB），该数据库会定期更新。

AACDB界面介绍

数据统计界面

这个界面主要列出了抗体类型在数据库中的分布，不同年份发布的抗原-抗体复合物的数量（唯一的PDBID），抗体条目按生物体的分布情况。

数据库浏览和搜索界面

在这个界面中会列出AACDB_ID，PDBID，轻重链ID，抗体，抗原，物种来源，结构的试验方法，蛋白结构分辨率以及参考文献相关信息。

通过使用AACDB_ID可以访问单个结构，点击AACDB_ID会跳转到一个更详细的界面，包括抗体的突变、INN和临床试验、抗原在DrugBank中的ID（如果存在）。在结构信息选项卡下，可以找到有关每个链的进一步详情。这些包括：序列、突变氨基酸类型和位置、基于ΔSASA方法的每个链中的相互作用残基、通过距离阈值<6 Å的结合位点-表位残基的相互作用图。单个条目可以下载相关数据。

AACDB的优势和局限性

在数据整理中，发现了PDB数据库注释中许多错误，还投入了大量努力和时间来手动交叉引用原始文献，以纠正这些错误并排除SabDab错误地将抗体结合蛋白标注为抗原的情况。

除了策划和重新标注结构数据外，AACDB还提供了其他抗原抗体复合物数据库所不具备的功能：（1）AACDB的数据处理管道支持mmCIF文件；（2）通过两种方法提供相互作用界面上的氨基酸，从而能够为表位和副表位定义统一的标准。这为已开发的相互作用界面预测工具提供了一个更准确、全面的基准数据集，增强了各种工具的可比性。

目前AACDB仅包括长度大于50个氨基酸的抗原蛋白。当前的AACDB版本仅包括长度超过50个氨基酸的抗原蛋白。未来的迭代将扩展结构覆盖范围至多样化的抗原类别（肽、核酸、半抗原），同时通过系统交叉引用纳入文献验证的亲和力数据。

结论

AACDB是一个新颖的抗原抗体复合物数据库，提供了关于抗体可开发性、抗原药物靶点关系以及详细的抗原抗体相互作用界面的信息。它可以在http://i.uestc.edu.cn/AACDB完全访问。我们致力于定期更新数据，确保免疫信息学的研究人员能够及时获取有价值的资源。